"Давным давно, когда покеболов ещё небыло..." Жил да был Аарон. Служил у своей королевы чем-то вроде мага. И был у него покемон Лукарио... И вот, однажды, на замок напали две армии из людей и покемонов... Была битва, но Аарон сумел остановить её, ценой своей жизни... С тех пор прошло много лет, но из года в год в замке проводятся фестивали, посвящённые памяти Героя Волны Аарона... И всё шло тихо и мирно, пока не явился туда Эш и компания...

Когда Эш, Пикачу и друзья приезжают в сверхсовременный город Ларусс, чтобы сразиться в знаменитой башне, появляется космический гигант Деоксис! Он угрожает городу, и Эш с друзьями, пытаясь защитить жителей, оказываются в самом захватывающем приключении в своей жизни!

Только раз в тысячу лет, когда на ночном небе появляется комета, пробуждается покемон Джирачи. И тогда он может исполнить любое ваше желание! В этот раз Джирачи обнаружил рядом новых друзей: Эша, Пикачу, Макса и всю остальную компанию. Но вскоре они должны спасти его от злого волшебника, который хочет использовать невероятную энергию Джирачи, чтоб воскресить самого легендарного и самого сильного Покемона из всех!

Самым красивым городом на свете считается столица воды, Арутомару. Здесь Сатоши и Пикачу случайно встречают Покемонов, обладающих таинственными способностями - Ратиасу и Ратиосу. Ратиосу — старший брат, Ратиасу — младшая сестра, они очень близки друг другу. Тайно находясь в этом городе, они незримо охраняют сокровище "Каплю души".
Всемирно известные воры, Заннаа и Рион стремятся завладеть этим сокровищем. Заннаа и Рион — сёстры, Заннаa — старшая. Заннаа и Рион вызывают события, в которые оказываются вовлечены Сатоши и друзья. Ведь если раскрыть скрепленный печатью секрет "Капли души" и Арутомару, город будет затоплен несущим разрушение наводнением. Смогут ли Сатоши и Пикачу каким-либо образом преодолеть это бедствие?..

Фильм рассказывает о том, как мальчик Юкинари помогает легендарному покемону Сереби, хранителю леса, спастись от охотника за редкими покемонами, и с помощью способностей Сереби они вместе переносятся на 40 лет вперёд, во время путешествия Сатоши по Джото. Сатоши с Юкинари вместе помогают измученному погоней Сереби исцелиться. Однако это лишь начало приключений, положивших начало удивительной дружбе между Сатоши, Юкинари, Сереби и Пикачу. Зло подстерегает друзей и в этом времени. Таинственный и могущественный лорд Вишес, нападает на Сереби и захватывает его, превращая Сереби в "тёмного покемона" и надеясь использовать его силу для покорения мира. Друзья спешат на помощь Сереби, им помогает легендарный пёс Суикун...

Трехлетняя Молли Хэйл - круглая сирота, ее родители бесследно исчезли в археологической экспедиции. Однажды, вспоминая папу и маму, девочка случайно взывает к могущественным покемонам, способным воплотить ее самые желанные грезы. Но попытка воскрешения родных оборачивается трагедией. Девочка оказывается заточенной в хрустальном замке таинственных Аноунов, столетия считавшихся мифическими. Узнав о случившемся, на помощь крохе спешат наши старые знакомые - Эш Кетчам и его верный друг Пикачу.